Відносини між Коста-Рікою та Нікарагуа тривалий проміжок часу були досить конфліктними. Такі обставини зумовили ряд розглядів проблемних питань міжнародними органами, серед яких: Міжнародний суд ООН , Об’єднання американських держав.
Наприклад, в 1998 році, коли Нікарагуа заборонила транзит коста-ріканських поліцейських у річці, яку Нікарагуа повважала це порушенням суверенітету, і в односторонньому порядку наклала податок у розмірі 25 доларів США для будь-яких коста-ріканських туристів, які в’їжджають до річки Сан-Хуан, оскільки особи є не об’єктами торгівлі, а суб’єктами торгівлі, і тому не підпадали під дію існуючих договорів про безоплатне переміщення цією рікою. Дана справа була вирішена Міжнародним судом ООН, основні тези даного рішення:
Що стосується судноплавних прав Коста-Ріки на річці Сан-Хуан згідно з Договором 1858 р.: Коста-Ріка має право вільного плавання по річці Сан-Хуан для комерційних цілей, включаючи транспортування пасажирів та перевезення туристів. Люди, які подорожують по річці Сан-Хуан на борту суден Коста-Ріки, які користуються правом Коста-Ріки на вільне плавання, не повинні отримувати нікарагуанські візи або купувати туристичні картки. Коста-Ріка не має права судноплавства по річці Сан-Хуан із судами, що виконують поліцейські функції.
Що стосується права Нікарагуа регулювати судноплавство по річці Сан-Хуан, у тій частині, де судноплавство є загальним: Нікарагуа має право вимагати від суден Коста-Ріки та їх пасажирів зупинитися на першому та останньому посту Нікарагуа на своєму маршруті.
Що стосується натурального рибальства: вилов риби жителями коста-ріканського берега річки Сан-Хуан для забезпечення свого існування повинен поважатися Нікарагуа як звичаєве право;
Нікарагуа не діє згідно зі своїми зобов’язаннями згідно з Договором від 1858 р., коли вимагає від осіб, які подорожують по річці Сан-Хуан на борту суден Коста-Ріки, що здійснюють право Коста-Ріки на вільне плавання, отримати нікарагуанські візи.
Втім, цікавішим з точки зору екологічного права є вирішення об’єднаних справ, що стосуються деяких заходів, проведених Нікарагуа в прикордонному районі (Коста-Ріка проти Нікарагуа), і будівництва дороги в Коста-Ріці уздовж річки Сан-Хуан (Нікарагуа проти Коста-Ріки).
