У 1992 році Таджикистан, який отримав незалежність від Радянського Союзу, поринув у жорстоку громадянську війну, оскільки змішані опозиційні групи намагалися повалити уряді запровадити ісламські реформи. Бойові дії тривали до 1997 року, коли опозиція продовжувала війну із притулків у сусідньому Афганістані. Ціна війни була великою – приблизно 40 000 людей було вбито, більше десятої частини населення країни було переселено, а двадцять відсотків шкіл країни було зруйновано. Сьогодні Таджикистан входить до числа найбідніших країн світу. Дві сторони громадянської війни у Таджикистані часто називали «комуністичною» та «ісламістською», але групи точніше ідентифікували за регіональними, а не за ідеологічними ознаками. У радянську епоху північний Таджикистан експортував бавовну та мінерали, ставши набагато багатшим, ніж інші частини країни.
Перший рік війни ознаменувався масовими розстрілами та жорстокими репресіями. У 1993 році бойовики опозиції втекли до Афганістану, здійснюючи вторгнення із тамтешніх баз. Росія офіційно заявила про нейтралітет, але її війська залишилися у Таджикистані після розпаду Радянського Союзу і вони були розгорнуті вздовж афганського кордону на підтримку уряду. У 1995 році різні опозиційні групи об’єдналися, щоб створити Об’єднану таджицьку опозицію, зміцнивши свої військові та дипломатичні позиції. Війна формально завершилася мирною угодою, підписаною у червні 1997 року. Згідно з угодою, президент зберігав владу, але опозиційні партії мали бути інтегровані в уряд. Сьогодні парламент залишається в переважній більшості провладним. Міжнародні спостерігачі визнали останні вибори 2006 року несправедливими.